Il 6 gennaio 1935 l'Associazione fu accolta sotto la sua protezione dal Vescovo di Vitoria, Dr. Mateo M˙gica che eresse l'Associazione a Congregazione di diritto diocesano. Da questo momento la nuova fondazione di Madre Speranza si chiamerÓ: Congregazione delle Ancelle dell'A.M.
Nel maggio del 1936, Madre Speranza, insieme alla Sig.na Pilar de Arratia, insigne benefattrice della Congregazione, venne a Roma dove prese in affitto una casa in una delle zone pi¨ povere, via Casilina 222, di proprietÓ delle Suore di Namur.
Gli anni che seguirono furono tra i pi¨ sofferti. L'aperta opposizione nei confronti della nuova fondazione scatenata dai Vescovi e Sacerdoti di Spagna non si era mai fermata. In questi anni, dal 1936 al 1941, detta opposizione incontr˛ un terreno propizio e favorevole per scatenare una forte lotta all'interno stesso dell'Istituto, fra alcuni membri di esso. Questi arrivarono a desiderare e provocare la rimozione di Madre Speranza dal Governo della Congregazione, ritenendola intransigente ed eccessivamente dura nel modo di impostare per sÚ e per gli altri la vita religiosa. Fu accusata di aver mancato a tutti e dieci i comandamenti, furono inventati fatti e diffusi scritti infamanti. Madre Speranza si vide ancora una volta sola con la netta percezione che questa volta si stava tentando di distruggere quello che lei aveva di pi¨ caro e per cui aveva speso la vita: la sua "amata Congregazione". Le accuse, inviate alle AutoritÓ ecclesiastiche, furono tali da obbligare il Nunzio apostolico ed il Santo Officio a dover intervenire.
Il 6, 7 e 8 agosto del 1940 Madre Speranza fu chiamata una prima volta dal Santo Officio a rispondere sulle accuse rivoltele, sulla ortodossia della dottrina dell'A.M., sulla sua condotta e sulla veridicitÓ e natura di particolari fenomeni attribuiti alla sua persona. In data 10 aprile 1941 il Santo Officio accolse la Congregazione sotto la sua protezione affidandone la direzione al Vescovo di Tarazona; pur lasciando a Madre Speranza il titolo di Superiora generale e la possibilitÓ di formare le suore, affid˛ alla Vicaria generale il governo della Congregazione. Madre Speranza accolse il provvedimento con spirito di sottomissione e di obbedienza e a questo esort˛ anche le sue figlie.
Fu destinata alla casa di Roma dove lavor˛ come una religiosa qualsiasi della ComunitÓ: "La Madre sta come sempre - scrive M¬ Pilar de Arratia -, alcuni giorni meglio, altri meno; appena si sente benino lavora nell'orto come un operaio, fino a che non ricade inferma. Sua continua preoccupazione sono le sue Figlie e che esse si facciano sante".
Durante la seconda guerra mondiale, libera dal governo della Congregazione e libera dalle accuse, fece risplendere il suo spirito di abnegazione nel diffondere la Misericordia di Dio. Avvi˛ un laboratorio di taglio e cucito, portato avanti solo dalle sue suore, per poter rispondere con pi¨ generositÓ a chi si trovasse nel bisogno e per poter accogliere gratuitamente un maggior numero di bambini poveri. Erano anni di timore, di paure, di bombardamenti, di fame. Madre Speranza si prodig˛ in ogni modo: accolse rifugiati politici, nascose ed assitette nei sotterranei della casa soldati fuggiti dal fronte, si preoccup˛ di dar da mangiare a chi non aveva niente. Fidando della Provvidenza, aprý una mensa dove arriv˛ ad accogliere oltre mille persone al giorno. In questi anni sorsero, in Italia, nuove e numerose fondazioni. Nel 1950, le suore mostrarono la loro generosa disponibilitÓ ed abnegazione per accogliere oltre cinquecento pellegrini al giorno, che venivano a Roma per l'Anno Santo; riflesso di quella disponibilitÓ infinita con la quale Dio sempre ci accoglie.