Gli stessi cilindri portanti di tutto l’edificio si prolungano al di sotto del piano del Tempio dando luogo alla Cripta, parzialmente interrata, ed illuminata direttamente dalla stessa luce del Tempio attraverso grandi asole aperte nel solaio ai piedi dei cilindri stessi, che anche nella Cripta formano nel loro interno le Cappelle.

In fondo, su un piano rialzato, il luogo delle Confessioni.

L’altare della Cripta è consacrato a Maria Mediatrice.

Sopra l’altare un mosaico, opera del prof. Mariano Villalta, raffigura la Madonna riunita con gli apostoli nel cenacolo.

Dietro l’altare la tomba di Madre Speranza.